食品污染分为生物污染、化学污染和物理污染三类，其中生物污染是比较普遍的问题。

生物污染是指食品受到有害病毒、细菌、真菌和寄生虫的污染。属于微生物的细菌和真菌是肉眼看不见的。鸡蛋臭，蔬菜烂，主要是细菌和真菌在起作用。细菌有很多种。一些细菌如变形杆菌、黄杆菌和肠杆菌可以直接污染动物食品，也可以通过工具、容器和洗涤水污染动物食品，导致食品变质。真菌的种类很多，有五万多种。为人类服务的第一个霉菌是一种真菌。今天，人们吃的腐乳和酱制品都离不开霉菌。但是，产生毒素的菌株有一百多种，其中毒性最大的是黄曲霉毒素。当食物被这种毒素污染时，它会导致动物原发性肝癌。

据调查，食品中黄曲霉毒素含量高的地区肝癌发病率比其他地区高几十倍。华东和中南地区气候温暖湿润，黄曲霉毒素污染较为普遍。污染主要是花生和玉米，其次是大米等食品。污染食物的寄生虫主要有蛔虫、绦虫、旋毛虫等，这些寄生虫一般通过病人和患病动物的粪便污染水和土壤，进而污染鱼类、水果和蔬菜引起寄生虫病。

霉菌及其毒素对食物的污染在南方多雨地区更为常见。已知的霉菌毒素约有 200 种。不同的霉菌具有不同的产毒能力和毒素毒性。与食物密切相关的霉菌毒素包括黄曲霉毒素、赭曲霉毒素、杂色毒素、岛青霉素、黄天经、桔霉素、层粘连蛋白、单端孢霉烯和巴豆酸内酯。霉菌和霉菌毒素污染食品后，主要有两大危害；即由霉菌引起的食品变质和霉菌产生的毒素引起人体中毒。被霉菌污染的食品会降低食品的食用价值，甚至完全不能食用，造成巨大的经济损失。据统计，世界上平均每年有2%的谷物因霉变而不能食用。霉菌毒素引起的中毒大部分是由受霉菌污染的粮食、油料作物和发酵食品引起的，霉菌中毒往往表现出明显的地域性和季节性。

影响霉菌生长繁殖和产生毒素的因素很多。有与食物密切相关的水分、温度、基质、通风等条件。因此，控制这些条件可以减少霉菌和毒素对食物的危害。